علي مطهري، نايب رييس مجلس شوراي اسلامي در واكنش به نامه آيت الله محمد يزدي به آيت‌الله شبيري زنجاني، درباره ديدار وي با سيدمحمد خاتمي، اظهارات وي را تهديدآميز و موجب وهن روحانيت و حوزه توصيف كرد و گفت: چه كسي گفته ملاقات يك مرجع تقليد با افراد سابقه‌دار در انقلاب كه احياناً انتقاداتي نيز دارند خلاف شؤون مرجعيت است؟ آيا شؤون مرجعيت را جناب‌عالي بهتر از خود مراجع تشخيص مي‌دهيد؟ مگر مردم بايد با اجازه شما به ملاقات اين و آن بروند؟!
به گزارش «انتخاب»، در نامه علي مطهري خطاب به آيت‌الله محمد يزدي آمده است:
«جناب آقاي محمد يزدي دامت بركاته
با اهداء سلام، در خصوص نامه جناب‌عالي به آيت‌الله شبيري زنجاني، مرجع تقليد، چند نكته قابل ذكر است:
1. در اين نامه جناب آقاي سيد محمد خاتمي و همفكران ايشان را «افراد مسئله‌دار كه براي نظام جمهوري اسلامي و مقام رهبري احترامي قائل نيستند» معرفي كرده‌ايد و ملاقات با آنها را امري قبيح و موجب «ناراحتي و تعجب مقلدين و حوزويان» دانسته‌ايد.
همه اينها نياز به اثبات دارد. «مسئله‌دار» كساني هستند كه در سال 88 تحت اين عنوان كه مقام رهبري از يك كانديداي خاص حمايت مي‌كند انتخابات را از حالت طبيعي خارج كردند و حق اعتراض معترضان را نيز به رسميت نشناختند و آنها را برانداز ناميدند و شد آنچه كه نبايد مي‌شد. در واقع چنين افرادي براي نظام جمهوري اسلامي و مقام رهبري احترامي قائل نشدند.
فرضاً بپذيريم جناب آقاي خاتمي و همفكرانشان افرادي مسئله‌دار هستند كه براي نظام جمهوري اسلامي و مقام رهبري احترامي قائل نيستند، قباحت ملاقات يك مرجع تقليد با آنها را از كجا درآورده‌ايد؟ اگر مسئله‌دار هستند آيا نبايد مسئله آنها حل شود؟ مراجع تقليد به مثابه چتري بر سر همه مردم و گروه‌ها هستند نه عناصري حزبي و جناحي.
ثالثاً ناراحتي و تعجب اكثر مقلدين و حوزويان از اين ملاقات را از كجا به دست آورديد؟
2. خطاب به آيت‌الله شبيري گفته‌ايد «مقام و احترام شما در سايه احترام به نظام اسلامي حاكم، رهبري و شأن مرجعيت است».
به عرض مي‌رساند مقام و احترام يك مرجع تقليد صرفاً در سايه احترام به نظام اسلامي حاكم نيست، بلكه بيشتر بستگي دارد به رفتار او در مقابل آن نظام كه كارهاي درست آن را تأييد كند و از كارهاي نادرست آن انتقاد و از حقوق مردم دفاع كند. اساساً احترام هركس تابعي از احترام و پايبندي او به حق و عدالت است. اين تفكر شما ناشي از اين فكر غلط است كه نظام را معصوم مي‌دانيد.
علاوه بر اين، مسئله طرفيني است، يعني همان طور كه مقام و احترام يك مرجع تقليد در سايه احترام او به نظام اسلامي حاكم است، احترام نظام اسلامي نيز در سايه احترام آن به مرجعيت است.
مسئله استقلال روحانيت و حوزه علميه و مراجع تقليد از دولتها و حكومتها، مسئله‌اي است كه سابقه طولاني در تاريخ تشيع دارد و به شدت مورد تأكيد امام خميني(ره) و شهيد آيت‌الله مطهري حتي براي دوره جمهوري اسلامي بوده است. از نظر شهيد مطهري روحانيت شيعه از نظر روحي متكي به خدا و از نظر اجتماعي متكي به مردم است و هميشه از دولتها جدا و در كنار مردم بوده است. اين ويژگي حتي در جمهوري اسلامي نيز بايد رعايت شود و روحانيت نبايد دولتي و حكومتي شود. اصل ولايت فقيه در نگاه امام (ره) و شهيد مطهري و مقام رهبري به اين معني نيست كه ساير مراجع ناديده گرفته و احياناً سركوب شوند. به ياد دارم چند ماه قبل از پيروزي انقلاب اسلامي در مجلسي در قم فردي فرياد زد «براي سلامتي يگانه مرجع عالم تشيع حضرت آيت الله العظمي امام خميني صلوات». پدرم ناراحت شد و آن فرد را صدا زد و به او گفت «اين چه جمله‌اي بود كه گفتي؟! ما غير از امام مراجع ديگري هم داريم.» همين طور مي‌دانيد كه ايشان در كتاب نهضتهاي اسلامي از مراجع ثلاث آن روز و نقش آنها در پيشبرد نهضت در كنار امام خميني به نيكي ياد مي‌كنند؛ همه براي اين كه نهاد روحانيت اصالت دارد و بايد حفظ شود نه فقط ولي‌فقيه.
3. در پايان نامه خطاب به آيت‌الله شبيري فرموده‌ايد «لازم است شؤون مرجعيت را رعايت فرموده و ترتيبي اتخاذ فرماييد اين گونه مسائل ديگر تكرار نگردد.»
اولاً خود شما با اين جمله تهديدآميز شأن مرجعيت را رعايت كرده‌ايد يا نه؟ ثانياً چه كسي گفته ملاقات يك مرجع تقليد با افراد سابقه‌دار در انقلاب كه احياناً انتقاداتي نيز دارند خلاف شؤون مرجعيت است. آيا شؤون مرجعيت را جناب‌عالي بهتر از خود مراجع تشخيص مي‌دهيد؟ مگر مردم بايد با اجازه شما به ملاقات اين و آن بروند؟! ثالثاً اين جمله را كه به اين مرجع عاليقدر دستور مي‌دهيد «اين گونه مسائل ديگر تكرار نگردد» از چه موضعي مي‌فرماييد. اين جمله را فقط امام زمان عليه‌السلام مي‌تواند به يك مرجع تقليد بگويد. در مجموع، نامه شما موجب وهن روحانيت و حوزه علميه شد. اميدوارم به نحوي جبران بفرماييد.
با تقديم احترام
علي مطهري»